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来源 青藏高原科学考察
标题 现代藏族人群全基因组变异数据(2020)
作者 孔庆鹏
关键词 藏族;变异;全基因组
摘要 我们获得了30个藏族个体的全基因组变异数据开展研究,采用DNA 微阵列(DNA Array)的方法,对30个样本进行了SNP分型检测,获得每个样品约70万位点(包括核基因组、线粒体DNA和Y染色体)分型结果。首先,在提取基因组DNA后,进行DNA扩增、酶促片段化、沉淀和重悬。随后样品过夜孵育过程中和BeadChip杂交,DNA经退火得到位点特异性的50-mer探针,与某种Infinium微珠类型共价偶联。然后采用Infinium XT继续酶基延伸赋予等位基因特异性,然后进行荧光染色。采用iScan系统检测微珠的荧光其强度,Illumina软件自动执行分析和基因型识别。最后得出每个样本的SNP分型结果。基于上述数据,进行相关生物信息分析(主要包括芯片位点质控分析、Y染色体和线粒体DNA的单倍群分型分析)。结合上年度的数据,有助于从核基因组、Y染色体和线粒体DNA的角度,解析藏族人群的遗传结构,通过与高原周边人群数据的比较,可以较为全面地追溯高原人群的迁徙和定居历史。
提交者 系统管理员
提交时间 2021/3/23 14:58:29
联系方式 kizdatacenter.kiz.ac.cn
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孔庆鹏. 现代藏族人群全基因组变异数据(2020). 国家青藏高原科学数据中心, 2020. DOI: 10.11888/Ecolo.tpdc.271051. CSTR: 18046.11.Ecolo.tpdc.271051.

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